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但仅仅几十年后，人类获得了关于免疫学和分子生物学的知识，彻底揭开了这些曾被认为是无法理解的奥秘。
我清楚地记得，50年代和60年代，当DNA分子结构和遗传密码的性质首次被详细阐述时，研究宏观有机体的生物学家是如何谴责那些分子生物学的倡导者是“还原主义”的（“用DNA，他们连一个蠕虫都根本弄不明白。”）。当然，将一切事物都归结为“生命力”比“还原主义”好不了多少。但现在我们已经知道得很清楚，地球上的所有生物，每一个有生命的东西，核酸中都携带密码形式的遗传信息，基本上都采用相同的一套密码来执行遗传指令。我们已经了解了如何解开这些密码。生物不断重复利用着相同的几十个有机分子，执行着各种功能。科学家已经确认出胆囊纤维化和乳腺癌的致病基因。组成流行性出血热细菌的1743个基因的1800万个DNA碱基对，已经被排列出米。大多数基因的特定功能，都被详细地了解：从制造和折叠上百个复杂分子、防热、抵抗病原体、提高变异率，到严格的自我复制。其他许多有机体（包括蛔虫）的大部分整组遗传基因图谱也被绘制出来。现在，分子生物学家正忙于将决定人类特征的30亿个核苷酸序列记录下来。再过一二十年，他们就可以完成这项工作。从此项成就中，人类获得的利益是否会大于风险，似乎目前还无法确定。
原子物理学、分子化学与最神圣的繁殖和遗传本质之间的密切联系，现在已经被科学家建立起来了，并不需要引入新的科学原理。看起来好像只需要几个简单的事实就足以理解生命体的极端的复杂性和多样性。分子基因学同时也告诉我们，每个有机体都有其特殊性质。
还原主义更好地应用于物理学和化学。稍后，我将描述一个意想不到的一致性，我们对电、磁、光和相对论的理解可以归为一个单一框架。几百年来，我们已经知道了少数几个相对简单的规律，不仅可以解释、而且可以定量地准确预测多得令人吃惊的各种现象。这些现象不但发生在地球上，还可以发生在整个宇宙中。
从神学家伦敦·吉凯所著的《自然、现实和神灵》（Natu－ral，Reality and the Sacred）一书中，我们看到这样的观点：所谓四海皆同的自然规律，仅仅是一帮容易犯错误的科学家和他们的社会环境所强加给宇宙的先入之见。他渴望其他类型的“知识”在它的领域中能和科学在科学领域中一样，真实有效。然而，宇宙的秩序并非假设，而是观察到的事实。我们能探测到来自遥远类星体的光只是因为电磁学定律在100亿光年之外和在地球上一样有效。我们能够辨认出它们的光谱只是因为类星体和地球存在相同的元素，因为二者都遵从同样的量子力学定律。星系间相互围绕的运动遵循我们熟知的牛顿万有引力定律。万有引力透镜和脉冲双星的螺旋形下降（spin－downs）揭示了宇宙深处的广义相对论。我们也许可以生活在一个每个区域都有不同规律的宇宙中，但事实上并非如此，这一点不能不令人惊叹和敬畏。
我们或许生活在仅通过几个简单规律无法理解的宇宙中，自然界复杂得超过了人类的理解能力，地球上的定律不适用于火星或遥远的类星体。但是，我们所得到的证据（注意，不是先人之见，而是证据）证明情况恰恰相反。我们是如此幸运，生活在许多事物可以“还原”为几个相对简单的自然规律的宇宙中。否则，我们的智力可能不足以理解整个世界。
当然，我们在把还原主义的方法应用于科学时可能会犯错误。正如我们所知道的，也许许多事物不能还原为几个相对简单的规律。然而，根据最近几百年的发现，抱怨还原主义似乎是愚蠢之举。它不是一个缺陷，而是科学最主要的成功之一。对我而言，它的发现于许多宗教是完美地吻合的，尽管它不能证明宗教的真实性。为什么几个简单的自然规律能够解释那么多的东西，而且适用于整个广袤的宇宙呢？这不正是人们对宇宙的创造者的期望吗？为什么宗教神秘主义者反对科学上的还原主义方法，而不去反对他们错置了的对神秘主义的爱恋呢？
几个世纪以来，宗教的议程上，一直试图调和它与科学的分歧。至少那些不愿在文字上刻板地坚持《圣经》或《古兰经》而不给寓言和比喻任何空间的人是如此。罗马天主教神学的最高成就是圣·托马斯·阿奎那所著的《神学大全》和《反异端概要》。除了12、13世纪复杂的伊斯兰教哲学涌入基督教世界的漩涡之外，古希腊的书籍，特别是亚里士多德的著作（即使随意翻检一下也会发现其伟大的成就）也随之而来。这些古代学识与上帝圣言是和谐的吗？在《神学大全》中，阿奎那企图协调基督教与古代经典之间的631个问题。但是，在有明显分歧的情况下如何做到这一点呢？没有一些附加的组织原则，一些了解世界的更好的途径，是无法完成此项任务的。通常，阿奎那求助于常识和自然世界——即科学，正是用它们作为纠正错误的手段。通过在一定程度上扭曲自然和常识，他设法去解决所有的631个问题。（当“推”变成了“猛挤”，想要的答案可以被简单地臆想出来。此时，理性总是让位给对宗教的忠诚。）犹太法典和后犹太法典及中世纪伊斯兰哲学中，也充斥着类似的尝试。
但宗教的核心教义，却能科学地验证。这导致了一些宗教人士和信教者谨慎地对待科学。圣餐，如教会宣传的那样，不只是一个引人联想的比喻，而在事实上，的确是耶稣基督的血肉吗？还是不论从化学的、微观的或其他什么方式看，仅是牧师递给你的一小块未经发酵的圆面包片（所谓“圣饼”）呢？如果不用人向神灵献祭，在金星52年的循环周期结束时，世界就会毁灭吗？一个偶然未受割礼的犹太男子，会比他遵循与上帝的古老契约（上帝要求割下每个男性崇拜者的一小块包皮作为祭品）的笃信宗教的同伴生活得较为糟糕吗？如摩门教徒所宣扬，在其他无数行星上也有人类生存吗？如伊斯兰民族断言，白种人的一个疯子科学家是用黑种人制造出来的吗？如果印度教徒不举行牺牲仪式，太阳果然就不再升起了吗（在Sat…apatha Brahmana中断言确实会如此）？
通过研究那些不熟悉的宗教和文化，我们可以对祈祷者的人性根源有所洞悉。例如，在公元前2000年的巴比伦圆柱形印章上，铭刻有这样一段楔形文字：
哦，宁利尔，土地女神，在你的婚床上，在你的喜悦中，请替我向恩利尔求情。热爱你的
（签名）宁麻的米利…史帕克，萨达姆
宁麻的萨达姆在很久以前就存在了。尽管宁利尔和恩利尔是主神——整个西方文明世界向他们祈祷了2000多年——可怜的米利·史帕克实际上只是对一个幻想、一个能为社会宽恕的想象的产物在作祈祷吗？如果他是这样的话，那我们又如何呢？这是一个被禁止的，亵渎神圣的问题吗？对恩利尔的崇拜者而言，无疑是这样的。
祈祷真的会发挥作用吗？它们发挥什么作用呢？
有一类祈祷乞求上帝干涉人类历史，或者只是解除某些真实或虚幻的不公正或自然灾难。例如，美国西部的主教乞求上帝援手，终止一场毁灭性的干旱。为什么需要祈祷呢？上帝不知道这场旱灾吗？他没有意识到旱灾威胁到主教的教民吗？一个被认为是无所不能、无所不知的神的局限意味着什么呢？主教也要求他的追随者一起祈祷。当更多的人而不是仅仅少数人祈求怜悯和公正时，上帝更可能进行干预吗？我们一起来看看下面这则请求（出版于1994年“祈祷者及行动周刊：依阿华基督教每周信息”）：
你愿意和我一起祈祷吗？愿上帝以一种无人会误认为是人类之火的方式烧毁得梅因的生育研究机构，使公正的调查者不得不把它归于奇迹般（不可解释）的原因，而基督徒不得不把它归于上帝之手。
我们讨论过信仰疗法。祈祷会使人长寿吗？维多利亚时代的统计学家弗朗西斯·高尔顿认为，英国君王应该非常长寿，因为全世界每天都有数百万的人在虔诚地吟诵，“上帝保佑女王（或国王）”。然而，君主们并不比富有而养尊处优的贵族阶层的其他成员活得更长。中国自古以来都称皇帝“万岁”。古埃及几乎每个人都祈求众神让法老“长生不死”。这些共同的祈祷都失败了，他们的失败成为历史的见证。
通过宣称宗教是可以验证的（哪怕是在理论上），宗教，尽管不情愿，进入了科学的竞技场中。只要宗教不抓紧世俗的权力，如果它们无法强迫信仰，就不再能够不受挑战地对现实作出断言。这当然激怒了某些宗教的追随者，他们有时会用能想到的最可怕的惩罚来威吓怀疑者。看一下威廉·布莱克在他无意中取名为《无辜者的征兆》的书中描述的信教与否的截然不同的结果吧：
教导孩童怀疑神的人，永远无法从腐烂的坟墓中脱身，不干扰未成年者信仰的人，将会战胜死亡和地狱。
当然，许多宗教由于热衷于尊敬、敬畏、伦理、礼仪、团体、家庭、慈善和政治经济的公平等方面，不但没有受到科学的挑战，反而被科学发现所支持。所以说，科学和宗教之间的冲突，并不是必然存在的。在某一层次上，它们共同扮演着相似而和谐的角色，彼此互相需要。公开的激烈的辩论，甚至对神圣的怀疑，可以追溯到约翰·密尔顿的《论出版自由》（1644）的基督教传统。一些主流的基督教和犹太教派含有甚至期望至少是一定程度的谦逊、自我批评和理性讨论，甚至对科学所提供的已被接受的最好的知识的质疑。但另一些教派（有时被称为保守派或原教旨主义派，现在看起来似乎处于上升状态，而主流教派几乎是既听不到也看不见了）仍站在易被证伪的事物的立场上，因而对科学感到恐惧。
宗教传统通常是如此的丰富多彩、多种多样，因而给更新和修改提供了众多的机会，尤其是当圣典能够被比喻式或寓言式地解释的时候。所以，存在着一个承认过去错误的缓冲地带。正如1972年罗马天主教会承认伽利略终究是正确的，地球确实是围绕太阳运动。尽管这一承认发生在300年之后，但仍然是需要勇气的，并受到了人们的极大欢迎。现代的罗马天主教不再就大爆炸、宇宙有无150亿年历史、最初的生命起源于无机分子、人类由类似猩猩的祖先演化而来等问题与科学家争论不休，尽管它坚持“上帝使人具有灵魂”的观点。大多数主流清教派和犹太教派坚持同样顽固的立场。
在与宗教领导人讨论神学时，我常问的一个问题是，如果他们信仰中的一个中心教义被科学否决，他们会做出什么样的反应。个别教派的宗教领袖回答说，如果那样，宗教就不得不发生变化。
进一步，我又问，如果确实是一个中心教义呢？
他回答到，那也一样。
但是，他又补充道，想否证中心教义往往极其困难的。
坦白地说，他是正�